中國農業院煙草研究所成立于1958年，是科學規劃委員會批準、籌建的國家農業專業研究機構。1959年4月經山東省人民委員會批準，正式增名“山東省煙草研究所"。1987年經國家科委、勞動人事部批準，增掛“中國煙草總公司青州煙草研究所"牌子，實行以中國農業院為主的三重體制，是中國的煙草農業科研事業單位。

中國農業院煙草研究所承擔中國煙草農業科學技術發展、組織中國農業科研協作、培養高層次農業科研人才的任務，設置了煙草遺傳育種、煙草功能基因組、煙草栽培與調制、煙草質量安全風險評估、煙草功能成分與綜合利用、煙草病蟲害防控6個研究方向

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